На территории Керчи находится одна из самых старейших церквей Крыма. Эта церковь была построена предположительно в VIII-IX веках, о чем свидетельствуют найденные надписи на одной из колонн, поддерживающих свод храма. Храм святого Иоанна Предтечи имел весьма необычную форму для своего времени — стены возводились из белых известняковых блоков, которые чередовались с красным кирпичом. Крестово-купольный трехапсидный храм имеет полусферический купол на высоком барабане. Во дворе древнего храма сохранилась одна плита с небольшим углублением, которое по своей форме напоминает человеческий след — согласно преданию, это след самого святого Иоанна Предтечи.
Храм святого Иоанна Предтечи в Керчи состоит из двух основных частей — небольшой древней церкви и пристройки, которая была выстроена в 19 веке. Сам храм имеет небольшие размеры, поэтому в 1834 году к нему была пристроена двухъярусная колокольня, позднее добавился и северный притвор. Даже в советское время храм был признан величайшим памятником архитектуры, что сохранило его от разрушений. Только в семидесятые годы храм начинают реставрировать.
После окончания реставрации в храме была открыта лапидарная коллекция музея. с 90-х годов в храме возобновили богослужения и храм Иоанна Предтечи был возвращен церкви. Реставраторы приложили немало усилий, чтобы вернуть храму древний первоначальный облик. Художники закрепили уникальные росписи, вокруг храма немного понизили уровень земли. На куполе храма был установлен крест и в настоящее время святыня святого Иоанна Предтечи является одним из самых известных мест для паломничества православных на Крымском полуострове.
