Монастырь основал в 1447 году Евфросин Псковский в миру Елеазар, расположен он по дороге из Пскова в Гдов. Преподобный Евфросин из Византии привез Цареградскую икону Божией матери, на встречи иконы забил святой источник, в который можно окунуться и сегодня. Монастырь был мужским.
Спасо-Елеазаровский, как и большинство монастырей, был закрыт при Советской власти и практически все здания разрушили. На сегодняшний день от более двадцати строений сохранились лишь соборный храм и двухэтажный братский корпус. Чего только не было в стенах монастыря — и школа, и госпиталь, и туристическая база.
В мае 1989 года случилась большая беда – рухнула колокольня Трехсвятительского собора. Это была уникальная колокольня – одна из первых на Псковщине. Шестигранную колокольню называли «византийской свечой», пять ее граней были одинаковые, а шестая была большого размера, она была невероятно красива. Это случай привлек внимание общественности к монастырю, люди решили сохранить хотя бы то, что осталось.
Как оказалось, колонны Трехсвятительского собора дали крен и его вскоре могла постичь участь колокольни. Были выделены средства из федерального бюджета на восстановление, и монастырь было решено передать Русской Православной Церкви. В 2000 году состоялось освящение Свято-Елисветинского храма. Первая Божественная литургия в возрождающемся монастыре была совершена Архиерейским служением. Высокопреосвященнейший Евсевий, митрополит Псковский и Великолукский, постриг в иночество настоятельницу монастыря с именем Елисавета в честь преподобомученицы Великой княгини.
